星期四, 十月 13, 2011

G-matrix 一二

花了点时间写了一个计算利用SNP基因型计算G-matrix(Yang et al, Nature Genetics 2010)的程序。

一如既往,我写的该程序超级快。小数据量时很容易通过,但是大数据量总是会产生各种意想不到的问题;LAPACK Cholesky 分解遇到非正定不给出错信息,一定注意;最令我惊奇的是作为一个方差-协方差矩阵,我模拟了很多组数据,居然没有一个是正定的。看来不知道哪里出了很有意思的问题。

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