星期三, 八月 29, 2007

遗传相似性、共亲系数及遗传相关

哺乳动物间所谓90%+的说法应指功能基因的序列,亿万年的进化使得它们非常保守,但是就这么多保守基因(如哺乳动物的3万个[但基因概念的本身也充满争议,目前尚 无定论])可以排列组合出众多千差万别的物种,——随便一个人都能说出人和老鼠有多么不同。所以说90%+的相似度只不过是人们把现有序列重新排序后再相 互比较的。

因此我们现在研究表型的变异更注重调控区而不是功能基因本身。

至 于说道“兄弟姊妹的相似度“则是数量遗传学/普通遗传学中常用的概念,也是研究数量变异的突破口,即亲属之间的相似性(resemblance between relatives)。这种度量就需要引入IBD/IBS的概念,主要的指标就是L2所说的Coefficients of coancestry / kinship / consanguinity或者coefficient de parente。概念其实很简单,就是两个个体任一座位任取一等位基因是IBD的概率(这样的过程正好组成了一个后代,因此这个数值也是后代期望的近交 率)。这样一个无近交的个体与它本身的共亲系数就是1/2,全同胞(兄弟姊妹)之间是1/4。

有一个容易与之混淆的概念就是个体之间的遗传 相关,它等于共亲系数的二倍(纯加性模型)。如兄弟姊妹间为1/2。一般课堂上都是这么理解的,即传给一全同胞(同父同母)的父亲的一半基因有一半的可能 性也传给了另一全同胞,母亲的基因也如此,因此全同胞之间期望有一半的基因是一样的。但实际上全同胞之间还期望有1/4的等位基因组合也是一样的,等等。 加性效应之后的项经常忽略不计,人们也经常用最后这一概念来作入门讲解。

星期五, 八月 10, 2007

国内动物遗传育种学的奠基人吴仲贤先生去世

享年九十六岁。告别仪式昨天(八月九日)九点在八宝山第一大厅举行。

我最早与老吴先生面对面接触大约是在九十年代末的时候。那时候老吴先生患有帕金森症,手指头抖得厉害,居然还请我教他用电脑,真是活到老、学到老。

老吴先生的中英文的文采皆好,记得有一次我草拟了一份英文推荐信,老吴先生略改几个字,顿觉满纸生香,我自己爱不释手。实际上老早以前,老吴先生的两篇英文小说便发行了单行本。

老吴先生的代表作当属他的《统计遗传学》(科学出版社)。当时这本书的出版,据先生自己说还有一段轶事。那时候文革刚刚结束,出版社因各种原因不愿意出版。于是老吴先生给邓小平本人写了一封信,很快使该书得以顺利出版。这本书影响了很多人。

同当年很多归国的遗传学界人士一样,在政治高压和李森科阴霾的笼罩下,老吴先生被迫不能讲遗传学,受到了很多不公正的待遇。但老吴先生没有违心地去讲米 丘林,而是转讲动物营养学。因此他是少有的遗传、营养皆通的教授。再后来,据说老吴先生在青岛会议上有一段精彩的发言,可惜我没有见过那个纪要。

注:原发表于http://www.xys.org/xys/ebooks/others/science/people/wuzhongxian.txt