蜜蜂的性别决定

大多数人现在恐怕还认为蜜蜂的性别是由它们的染色体倍型决定的，即未受精卵发育成雄蜂，受精卵如果饲喂蜂王浆就会发育成蜂王，否则就成为工蜂。这种说法其实不对，人们很早以前就发现了。我其实很纳闷为什么现在的教科书仍然这么教。说到这里我忍不住要吐槽当年的生物高考。可能是因为中学的生物太简单，据说答卷时即便意思对，如果不说书上的原话也不能算对。大约负责中学生物的人物大都是“老科学”的家。

以下是蜜蜂性别机制发现的几个关键人物或重要事件：

1. Johann Dzerzon: 最早（1845）发现蜜蜂的孤雌生殖。
2. 性染色体的发现，Hermann Henking 1891年发现了X因子，认为可能与性别决定有关。McClung 约在十年后确定了性染色体。
3. 之后人们发现了二倍体的雄蜜蜂。这个时间在1951年之前，60多年后这个事实仍不见于中国的各种教科书。
4. SDL （Sex Determination Locus）假说，约70年前。假说的内容是，SDL纯合，或只有一个等位基因，个体就发育成雄性，否则发育成雌性。
5. 2003年，SDL 的 csd （complementary sex determiner）基因被克隆。csd座位至少有15个等位基因。

实际上，二倍体雄性通常致死，即它们一出生就会被工蜂杀死。
更多内容可参照：http://www.nature.com/scitable/topicpage/sex-determination-in-honeybees-2591764#

A few words on the recent Scottish referendum

I have been living in Scotland for four years. That was one of my best parts in life. Not only the academic career opened my eyes wide, but I have also made a lot of local friends in Edinburgh. I made friends in the Institute, the University, my Ping Pong club and my neighbourhoods. My second son was born in Little France. My wife and I had also a Scottish mum who died several years ago.

I know the people of different kingdoms within the Union are joking with each other. For example, I first heard the famous kicking out persons on a crashing plane was told by a Scottish friend in my ping pong club to his English mum. Where at last a Scottish kicked an Englishman out of the plane, shouting "For my country". This joke has now quite a few different versions.

I also watched a movie called The Brave Heart every Xmas. I have however never thought that Scotland was on the edge of independence.

Scotland is unique, from kilt, which I heard that there should be nothing underneath, to bagpipes. Yes the bagpipes, whenever they are blew, whether for joy or sorrow, they always touch my lacrimal gland. Scotland is neither trivial on science history, which to my opinion is the only history that worth be be written. In Edinburgh only, for example, there were once two giants that will be remembered by human beings forever, James Clark Maxwell and Charles Darwin.

It didn't surprise me very much when I heard on BBC that one of the famous Choshu Five (长州五杰), Yamao Yozo (山尾庸三), once studied in Glasgow.

It then did surprised me that people who campaigned 'Yes' that the primary advantage of independent Scotland is oil, not the science, not the strong manufacture ability. So did the biggest city Glasgow that had a 'Yes' result.

Nevertheless, most people (55%) now living in Scotland voted to stay in the Union.Time is moulding everywhere, every people. The five million Scottish may surprise the world again.

破烂服务器

这台服务器其实我两个月之前在命运多舛的服务器说过一回。前几天，我有一台数据服务器不能启动，我曾经把这台服务器的电源拿下来核实是否电源烧毁。因为事情繁多，有一段时间，我懒得把电源重新安装回去，于是这台破破烂烂的机器愈发难看。

昨天下午我刚好有点闲功夫，心想这台破机器与其让它闲着碍眼，不如让它重新转起来。哪知道重新安插主板电源线出了问题。这台服务器 PSU 的额定功率 850W 倒是不差，可是我无论如何也找不到另外一颗 CPU 的供电线。也就是说主板上两颗 CPU，但电源只有一根 EPS 线。

机器的前主人是个极品，他硬生生地把一根 PCI-E 供电线反过来插进了 EPS 插槽。PCI-E 的额定供电功率只有 75 瓦，而一颗 Xeon 5550 的最大功率是 95 瓦。这三年时间里电源没有烧毁，第二颗 CPU 能正常运转也真是奇迹。

前面板已经摔得不成样子，我把所有的指示灯和线缆通通剪掉了。下面那个风扇似乎被极品前主人省略了。它的背后就是六个硬盘槽，这个省略也是极大失误。几块硬盘摞在一起如果没有通风，很容易烧毁。

我把电源开关线从前板移到了后板，需要开机时用钥匙给它短一下路即可。虽然以后几个月都未必用上一次，但万一开机就不需要再打开机箱盖。

上图可见侧板上有两个巨大风扇，噪音很大。

我把这两个风扇的电源拔了，从别的地方找了一个小风扇固定在硬盘架子上，让它直吹第一组内存和主板上一个散热片。原先这个散热片烫得不敢用手碰，现在手可以放在上面了。风扇的旁边是硬盘架，其中的六块硬盘已经全部烧毁。我已经预定了一块 3T 硬盘。上面用塑料带子固定的是一块 2.5 吋 250G 硬盘。

这台机箱设计很糟糕，右下角的硬盘架子和主板都是发热大户，反而没有通风，即使有，通风也不畅快，因此这里最先出问题现在看来也不意外 。

横梁上纸包的那一块俺费了一些功夫。我把两股四针 Molex 线，也就是原先通常 PATA 硬盘的供电线，的头剪下来，然后把裸线头插进一根别处找来的 EPS 线。然后固定。

我设备简陋，只有剪刀和那种塑料带子。

总之，现在机器终于可用了，很温顺的样子。这个曾经给我制造了无数麻烦的东西，我都有些喜欢它了。

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   It is better to use pdfimage than to do
   

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2. View with a picture viewer to determine the area you want to crop.
3. Then run the following bash scripts
   

   #!/usr/bin/env bash
   page=0
   for i in *pbm
   do
       let page=page+1
       #crop dimensions and offsets
       convert $i -crop 1850x1200+30+30 $page.jpg
       let page=page+1
       convert $i -crop 1850x1200+30+1400 $page.jpg
   done
   #
   # you may also want to adjust the page numbers, e.g.
   #for i in `seq 111 -2 1`
   #do
   #    let j=$i+2
   #    mv $i.jpg $j.jpg
   #done
   #
   # let the jpg files have the same name length
   # usually a book has less than 1000 pages
   for i in ?.jpg
   do
       mv $i 00$i
   done
   
   for i in ??.jpg
   do
       mv $i 0$i
   done
   
   convert *jpg tgt.pdf
   

File tgt.pdf is what you want.
Note,

1. pbm is for monochrome images, ppm is for non-monochrome images.
2. change to png format to reduce the pdf file size if it is black and white.

忆农大二则

房间号

我上学的那时候，大家对楼层、房间号的迷信还没有传播开来。不像今天有学生家长还会抗议 244 这样的房间号。我本科时一直住在北农的 6 号楼，头两年住在 311。后来学校说要让所有人都要享受一下阳面，于是后两年就搬到楼下阴面的210（这个不太确定）。总之都很平淡，倘若非要和名人拉一些关系，那就是郭沫若曾经有个儿子从这栋楼三楼阳面跳了下去，悲剧年代的悲剧之一。

挂科

我其实从来没有挂过科。最危险的一次是《中国革命史》。我平时就不爱学，考试前一天我还去石景山一个老乡那里。回来时转了向，从四季青到八里庄来回骑行了几趟才回到宿舍。第二天起晚了，我只好坐在考场第一排，和革命史老师刘廷晓面面相觑。后来他忍不住了：
“你真想不起来啦？”
“嗯。”
“那就写点儿啥吧。”
后来我这门课得了60分。

一般大学生最容易挂科的是《高等数学》，以至于有这样的段子： 从前有棵树，叫高数，上面挂了很多人；旁边有座坟，叫微积坟，里面葬了很多人……。

我们畜牧专业挂科的大都挂在《普通化学》上。记得教我们普化的那位老太太也带我们《分析化学》，每次试验经常会听到她用北京腔喊“你干嘛，干嘛呢你？”然后她急冲冲地跑到不按规程操作的同学那里。我原先就不大喜欢化学，普化似乎考了 70 多分，但比十几个需要补考的强多了。改观发生在后来的《有机化学》。那阶段有机老师们改进教学改得有效果，我居然都听进去了。笔记记得也非常好，简直像艺术品。可惜后来这本笔记怎么也找不到了，我怀疑最大的可能性是被人偷了。我因此伤心了一段日子。后来我又回到不喜欢化学的状态，反正现在化学基本不用。学过的那些化学知识，不管当时学得好还是坏，现在都忘光了。

关于身高和智商等的谣言

最近有微薄号“广州公安”发了一篇小清新谣言，如下：

孩子的智商合相貌由谁决定的？据广州日报：1、性别由爸爸决定；2、身高父母各占一半；3、性格是爸爸的遗传大；4、母亲对孩子智商的影响是父亲的3倍；要判断男生聪不聪明，看他妈妈就知道了。男生自己觉得笨，千万要娶一个聪明的女生，这样你小孩翻盘的几率还有七成五，人生还是充满希望的。

堂堂官微“广州公安”不专注于自己的本职工作已经让人侧目，传播这种小清新式的谣言则更让人错愕。这个文中的问题大都是遗传学中的入门问题。即使这样，其中细节也不是小清新们脑袋一轮就能想出来的。

所谓遗传由爸爸决定是指通常决定后代性别的基因来自爸爸的 Y 染色体。它上面有一个 SRY 基因，现在通常叫做 Y 染色体上的性别决定区（http://ghr.nlm.nih.gov/gene/SRY）。它所产生的蛋白质可以导致睾丸发生，经过一系列的活动导致个体发育成为男性。

注意，其实父亲并不能决定自己贡献的是含 X 还是 Y 染色体的精子。所以由父亲决定这种说法并不合适。另外即使个体的染色体型是 XY，其发育结果也未必是男性（ http://en.wikipedia.org/wiki/Androgen_insensitivity_syndrome）。下面图片中的女性通通是 XY 染色体型。

“身高父母各占一半”也是错误的。

父母身高对孩子身高的影响是数量遗传学问题。一般说父母（影响）各占一半，是指遗传变异（遗传方差：统计术语）上的影响。通俗一些说，如果这对父母可以生很多孩子，孩子们的身高会各不相同。除去环境因素，孩子们身高不一样的原因一半是因为他/她爸（的基因不纯合：遗传学术语），一半是因为他/她妈（的基因不纯合）。这是一个类似扔色子的过程，父亲和母亲传给孩子的基因每次都不一样。

通常人们想要表达或想要知道的是父母身体有多高，他们孩子期望会有多高。这个问题的答案就需要更多些的信息，比如家庭所处的群体。数量遗传学关于身高最简单的式子就是：

后代期望身高=（父高 + 母高 - 2 x 群体平均）/2 x 遗传力 + 群体平均。

常人所说的一半就是其中的 /2。“各占一半”的说法直觉好像对，但其实不对。比如父亲若比平均值高 2 厘米，母亲比平均值高 10 厘米。这样母亲对孩子期望身高贡献就是父亲的 5 倍。

智商和性格等也都是数量性状。他们的基本规律与以上所述类似，只是具体的数量性状研究起来所考虑的因素要多得多。

可见人们的直觉与其背后的科学道理根本不是一回事儿。从专业角度来看，“广州公安”这条微薄通篇都是胡说八道，专业的问题还是要专家来说明和解决。没有专业知识便开口便是一种非常的不负责任。倘若开口的这位受众多，那么其负面影响就大。以上的谣言还不算有什么社会危害，但若有，那么其危害也大。官微“广州公安”须自省。

在这个博客贴源代码

以前好像说过怎么在 Blogger 贴代码，这次详细记录一下。

#!/usr/bin/env bash
sudo yum install hightlight xclip #if highlight or xclip is not installed
# for example you are going to post contents of t.cpp
highlight --enclose-pre --inline-cs t.cpp | \
    sed -n "/\<pre/,/pre\>/p" | \
    xclip -selection clipboard

Then you can just past the formatted codes in the editing frame(html mode) of Blogger.

Note that if you are doing this on a remote machine, xclip cannot be used. Either the content is in the remote clipboard, or the X-windows is not started.