不怕

我所在的研究组有三位，B，K 和 O，来自非洲。他们有问题经常来找我，我通常会给他们满意的回答。另外，他们有时候也和我一起去打羽毛球，每次作战被我打得满地找牙。因此他们平时把我当大神一般，甚至几天前一次周末 Happy time 时 O 当着我们的老板和许多其他人的面儿说我是他们的老板。

由于关系好，他们干活累了经常来我的办公室，胡扯一通放松一下，一般门都不敲就进来。有那么一天，我正在专心致志地工作，K 咣当一声就闯进来了，吓了我好大一跳。我从此要求他每次来先敲敲门。

昨天下午 K 又来了，急促敲门之后进来问我，“害怕没？”我瞄他一眼：“你看我现在这么强壮，能跑、又能打。我因此不怕强盗，不怕野兽。老实说，我现在连女人都不怎么怕了，还会怕你这么敲门？！”

Sort on multiple columns

Data flood in NGS era. With a small data set, sorting can be done gracefully just with the sort+uniq commands. This turns to be painstakingly for NGS data. For example, I have now 177,706,969 lines of records of SNP found for dozens of ID. I want to found unique positions according to their scaffolds and base pair positions. Before the following command can be used:

cat data | sort -k1,2 |uniq -c >some-file

However, this might take hours to finish. While using the following C++ codes can finishes them in just a few minutes.

#include <iostream>
#include <string>
#include <map>

class rcd
{
public:
  std::string scf;
  int    bp;
  rcd(std::string s, int b):scf{s}, bp{b}{};
};

bool operator<(const rcd&a, const rcd&b)
{
  return (a.scf==b.scf)?a.bp<b.bp:a.scf<b.scf;
}

using namespace std;

int main(int argc, char *argv[])
{
  map<rcd,int> pos;
  string ts;
  int t;
  while(cin>>ts>>t) ++pos[rcd(ts,t)];

  clog<<pos.size()<<endl;
  for(auto t=pos.begin(); t!=pos.end(); ++t)
    cout<<t->first.scf<<' '<<t->first.bp<<' '<<t->second<<'\n';
  return 0;
}

Then,

g++ -std=c++11 sort.cpp
cat data | ./a.out > data.new

This program will sort the data and count to data.new and put overall unique record number to standard out.

By modifying number of fields and corresponding comparison operator, sorting on multiple columns can be implemented easily.

关于转基因之另外一则

按：以下土摩托的微薄倒让我想起来，转基因其实并不限于农作物。发酵工业中，大肠杆菌、酵母等都是常见转基因的载体。由于（过去）转基因不太容易，筛选高效率的菌株更难。因此最初进行商业转基因的公司在转入目标基因的同时，还转入各种各样的标记，以保护自己的产权。饲料工业对发酵产品的需求量巨大，因此一个好菌株相当于一台印钞机。于是就有人偷，于是有人就因为不知道有标记而被抓。05/06 年我还在国内时，就见过东北一家公司用偷来的菌株发酵，被抓住现行。因为那个标记序列明明白白，偷儿相当于被擒住手腕。彼时偷儿正在通过各种关系疏通。由于国内对知识产权和法律的态度，估计最后法官会做一个葫芦判断。

这又让我想起有关知识产权的另外一件事情。古久之前，我还在读硕士。彼时中国每年都喊入关，我读硕士时终于快入了。某部委就告诉某农化系，让他们赶紧合成某些农药，说入关后这些都要涉及知识产权了。当然，入关之后的情况大家也了解，单盗版光盘就打了很多年官司。

土摩托：欧洲食品饮料工业协会主席 Mella Frewen 不但自己不反转，还会主动选择转基因食品给自己的 3 个孩子吃。但是由于欧洲民众反转的比例高，绿色和平等组织为了赢得民意（从而拿到经费），经常去售卖转基因食品的商店门前抗议，导致现在欧洲已经很难找到转基因食品了。强制标签貌似民主，本质恰恰是反民主的。

她还告诉我，欧洲人最引以为豪的奶酪和酒类等食品所使用的酶和菌种有好多都是转基因的，但欧盟却对此采取睁一只眼闭一只眼的态度，欧洲人在这一点上非常虚伪。

转帖纪念九一八

一九四二年，八路军总部被围。六月二日黄君珏开枪击中两名日军后跳崖。这是后来其夫王默磬写给岳父黄友郢的信：

夜九时，敌暂退，婿勉力带伤行，潜入敌围，寻到遗体，无血无伤，服装整齐，眉头微锁，侧卧若熟睡，然已胸口不温矣。其时婿不知悲伤，不觉创痛，跌坐呆凝，与君珏双手相握，不知所往，但觉君珏亦正握我手，渐握渐紧，终不可脱！山后枪声再起，始被惊觉，时正午夜，皓月明天，以手掘土，暂行掩埋。

吾岳有不朽之女儿，婿获贞烈之妻，慨属民族之无上光荣！

读书笔记

《Scientific American》九月号有两篇文章说到 GMO。一篇叫做《与转基因食品恐慌作战》(Fight the GM Food Scare)。另外一篇叫做《Are engineered foods evil?》摘要如下：

第一篇：

1. 今年六月，美国康涅狄格和缅因通过了 GMO 标记法案。去年 11 月，加州以微弱优势（51.4%)否决了对 GMO 标记。
2. 美国已经有 20 年吃 GMO 的历史，70% 的食品含有 GMO。
3. 世界卫生组织和欧盟都认为 GMO 和其它食品一样安全。与传统育种方法——要在个体间交换巨量的 DNA——相比，遗传工程更准确，结果更可控。
4. GMO 标记并不意味着消费者选项增多。1997 年，彼时欧洲反转高涨，欧盟要求 GMO 标记。1999 年，多数零售商因怕把消费者吓跑而移除了标记，大的食品商如雀巢被起诉。今天在欧洲超市实际上找不到 GMO。
5. 传统作物通常需要更多的水灌溉和喷洒更多的农药，GMO 则相反。
6. 若 GMO 需标记，则在美国将使每个家庭每年多支出 400 美元。
7. 印度因为种植 GMO，产量增加 24%，利润增加 50%。
8. 世界每年有 50 万人口因维生素 A 缺乏导致失明，3/4 杯的金大米就可以解决这个问题。因绿色和平和其他反转控用误导信息和歇斯底里地阻挠，黄金大米迟迟不能在菲律宾、印度和中国推广。
9. GMO 标记法案即将在美国至少 20 个州表决。GMO 标记远远不是表面上简单的标记那么简单。反反转控任重道远。

第二篇：
太长，有时间再摘。

急救训练课上的两个故事

八月初，学校的群发邮件通知说上周五有一个急救训练，时间一天，且有免费午餐提供。我想何乐而不为呢？于是就报名了。

其实培训的好多内容以前在动物生理学课上都学过，只是不提醒一下子联系不起来。比如人体最重要的器官其实是大脑，其黄金急救时间只有 2-4 秒，大脑一旦出现损伤其结果往往不可逆。相比较而言，人可以憋气好几分钟都不出大问题。因此一旦发现病人昏迷、呼吸停止等情况，应该立即进行 30+2 的 CPR 保持血液循环以保证大脑供氧，同时呼叫急救中心。其中人工呼吸甚至可以省略。另外急救的第一步就是要保证被施救者气路的通畅。具体的细节我就不赘述了。

我所在的这个区叫做 Akershus，与 Oslo 区一起约一百万人在一个急救中心的范围。急救电话 113 打进来通常会有至少两个人监听。如果情况紧急，其中一个就直接去传救护车，剩下一个指导打电话的如何进行抢救。救护车最迟会在 45 分钟内赶到。急救中心还有几架直升机，最多 15 分钟就可以赶到现场，但直升机常常会受到天气的干扰。有时候为了保证急救，现场同时出现两架直升机、几辆急救车和很多警察也不足为奇。直升机通常意味着更好的条件，比如更专业的医生团队和更好的装备。

急救发生便意味着有人的生命受到了威胁，因此每一次急救的发生都往往揪着许多人的心。课程培训了一天。讲课的护士大嫂经验也很丰富，我很难将课堂上那么多的东西一一重复，因此只说其中的两个小故事吧。

人们的身体条件往往不同，给身体强壮或肥胖的人施行 CPR 往往就困难些，而我们第一个故事中的主人翁偏偏是一个瘦弱的老者。事情发生在九十年代，这位老先生突发心肌梗塞，很快就人事不省。他的女婿——高大、威猛、强壮——刚好在场，立即对岳父进行了 CPR，直到二十几分钟后救护车赶到。医生检查后发现，老头子的肋骨一边断了三根。折断的肋骨在二十几分钟的按摩中扎破了胃，扎破了肝脏，也扎破了脾脏。这害得老先生在医院里面躺了三个月。然而他的大脑得以保全，因此三个月后他的生活质量还是和往常一样。

另外一个故事发生在去年的五月十六日，也即挪威国庆节的前一天，路边还有鲜花，一个拐角路边停着一辆轿车。等我们这位护士大嫂赶到的时候，可见轿车后面有长长的刹车痕迹。一个年轻人，事后得知他刚刚满十八岁，家人刚刚送了他一辆摩托车，躺在轿车的前方。摩托车零零碎碎，散落在不同的地方。已经有人在给他做无保护的人工呼吸了。护士大嫂还能看见这位年轻人在倒气，喉咙里面发出“嗬、嗬”的声音，并有血泡沫溢出。很快，两架直升机也赶到。医生熟练地剪开了伤者衣服，只见左胸一大片淤青，轻轻一按就能陷下去，显然已经气胸。摘掉头盔，可见后脑也受到了撞击。医生用专用设备，很快就从他的胸腔抽出了一升半血。护士大嫂心说“完了，这孩子已经走了。”但他们仍然坚持施救到最后一刻。

再说领导人

说到领导人，昨天我家老大告诉我，说他昨天参加学生会主席竞选，因为女孩子多且都投票给另外一位女孩子，因此他只当选副主席。他们哥儿俩刚刚入这个有上千人的新校刨去暑假才两三个月。我家老大也是我家目前唯一的领导人。

再过 3-4 天，即 9 月 9 日，也是挪威的大选日。经过上次那个叫做 Brevik 的疯子事件之后，右党大有夺权之势。当然，我有很多朋友不太喜欢比较排外的右党，说他们还有很多要学习的。不过倘若右党赢得大选，那么右党主席住得离我家不远，这样就算是天天挨着党和国家的领导人了。

与领导人近距离

我爱自由，受不了与严肃人物在一起的拘束。今天偶然看到 05 年胡锦涛访问朝鲜的视频，我才想起来我原先与他也曾有过车内车外这样的近距离。

那一年胡副主席访问苏格兰，刚巧那一个月我在爱丁堡市中心住。晚上我从郊区的 Roslin 研究所回家，碰巧看到车队从我身边经过。我在 Roslin 工作的时间大都是 2001 年，因此胡副主席访问爱丁堡那年应该也是这一年。车队的规模不大，前面两辆摩托警车开道，后面大约有三或四辆黑色的轿车，插着中国国旗。年代久远，很多细节都不记得了。从路边看去，车窗里面什么也不见。但胡副主席访问爱丁堡的新闻当时是人人皆知的，因此我猜想胡副主席就在里面了。那时路边只有我一个人，于是我停下来，冲车队挥了一下手，如是而已。

再后来，我的一位朋友和其他一些华人学者受邀到领事馆与胡副主席座谈。之后是合影，朋友还拿照片给我看。我当时没好意思笑，原来我那位朋友个子矮，但她不是学联的领导，因此反而被安排到了后排。只见她使劲地抻长脖子，却只露了一个脑壳，连眼睛都看不见。倘若是我，索性便退出了，照不好还不如不照。当然那时候很多人已知胡副主席是未来的接班人，但凡有机会近距离接触，纷纷要留下近距离接触这份荣光的证据。

这么多年过去，胡副主席都已从主席的位置上退下来好久了，这不由不让人感慨时间之匆匆。