星期日, 十月 31, 2004

生物信息学要灭绝了么?

  新雨丝新到读者评论中有牛人狂言曰:生物信息学即将死亡,读来哑然失笑。尽管我无法知道显示器后面坐的到底是谁,甚至是什么,但是鉴于新语丝的影响力大,有必要对此说几句。以下是原文:

  “……唯一可以解释的是,她(按:指中科院遗传发育所最年轻的博导王秀杰)所做的研究,所谓的生物信息学,虽然在美国已经被称为“就要绝种的学科”,在中国,还是满热门的。”
  ——Cloudy Wood

  首先,我不知道这个“在美国”是指美国的那一类团体。大约应该不会是基督教社团,因为大多此类团体恨不得整个生物学现在就绝种。由于生物信息学是个很专业的名词,姑且认为是科学界吧,可是科学界有“隔行如隔山”之说,比如我一个学生物的就不敢说物理学如何如何;甚至在生物学这个框子里,我也不敢对其他的专业多作评论,比如我以前学动物遗传育种,我就不敢说玉米育种即将死亡。姑且认为这个“在美国”就是在美国的生物信息学界或者和生物信息学“交叉”的学科吧。
  那么什么是生物信息学呢?按Janet Thornton教授(1)的说法,生物信息学(Bioinformatics)是:“the collection, archiving, organization and interpretation of biological data”。这个定义我个人认为内涵太少,按这种说法,传统的动植物育种也要被包括进来了。但以下一些内容应当是生物信息学界的共识。生物信息学兴起于1990年代初期。当时随着人类及相关基因组计划的启动,生物学家们如今要面对浩瀚的数据。生物信息学整理、组织和解释的正是此类数据。也就是说:“……生物信息学家的工作不仅要提供工具和数据库,我们还处于这样一个位置,那就是去问和回答有关分子进化、生物功能和生物系统控制的根本性问题。”(1)。说到这里,我们不难看出,倘若生物信息学即将灭绝,那生物学定然要死在前面。
  说某某学科即将灭绝甚至已死,我倒不是第一次听说,甚至也有出自严肃科学家之口。上个世纪八十年代末,很多搞数量遗传的断言:数量遗传学已死。这其中也不乏杰出人士。环顾当今数量遗传学的火热,恍若隔世。

(1) C.A. Orengo, D.T. Jones & J.M. Thornton Bioinformatics--Genes, Proteins & Computers BIOS Scientific Publishers Limited, 2003

星期二, 十月 19, 2004

做老板——简评酸葡萄兄

按:前几日新语丝发表了一篇署名酸葡萄的文章。酸在国内应聘吃了憋,愤不过,在这篇文章中诉说委屈,顺便给答辩委员会的人挨个起了外号。

  给人乱起外号这的确是很大的败笔,除非那位年兄从此再也不想到国内混了,或者国内答辩委员会的人都挂了。可能酸葡萄年兄以前太顺了,在国内吃不了这个憋。但即便是普通人,一帆风顺的人有几个。说国内人际关系复杂,人所诟病,但作为生物,适者才能生存吧。在哪里能没有点儿事呢?况且酸葡萄年兄干的肯定比我好,此处不留爷、自有留爷处。犯不着把国内的人挨个掐一遍。
  我刚出国的时候,老婆孩子曾经被遣返过一次,说是签证错误。老婆在使馆受气,不敢发作,就发在我身上。这滋味不是一般人享受得了的。刚来的时候还买了房子,现金不够,用信用卡透支,结果还被银行罚过两次,彼时真有些透不过气。现在想想不过两年前的事情。
  俺觉得幸运的是,从读研究生以来,俺遇到的几个老板人品都非常好。人品其实不分国内外。人跟人很不一样的。
  俺出国前曾经在某校呆过几天,协助整理数据。说实在,俺那时候对俺的方向并不真正理解,好歹对付了两天。后来大头儿给了俺三百块人民币,算是几天来的饭钱。这钱是俺一个同学亲手递给俺的。同学捏着钱,语重心长地对俺说,这钱如何如何,你可要如何如何。俺同学生来严肃,很少说笑话,因而感觉就跟吃了苍蝇似的。也就在前几天,俺那位同学寄了篇文章给俺看,俺顺便问同学,如果俺的文章发表杂志的影响因子加起来超过35,回国能得到什么职位。同学说那要看你回国的表现。呜呼!
  国外许多地方的研究水平比较国内是高,俺这几天看了几篇国内寄过来的文章,有的甚至还有民科思想的痕迹,国内的滥记者写的科学家的滥报告文学的影响力可见一斑。俺第一次出来的时候是01年,才过一周,俺就后悔为什么不早一些出来。好在经过这几年的恶补,俺对自己总算有了些信心,但是要达到俺老板们眼光那么毒,恐怕还要在外面多磨练几年(或者把这个班子搬到国内:(),可惜在老婆的敦促下,俺明年就要回国了。
  不过倘若不小心申请到一个100万的杰出青年基金,也是挺美的事情么,30刚出头应该算是青年吧。

星期一, 十月 18, 2004

爱丁堡文化节一景

按:爱丁堡文化节是世界知名的文化节之一,可惜这两年连续请李猴子的轮子功现眼,大煞风景。

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爱丁堡文化节一景

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  每年的八九月份,是爱丁堡举办文化节的时间。其间有各种街头杂耍,军人的列队表演,爵士乐、布鲁斯,还有很多高水平的音乐会,歌剧,等等。艺术节之前有一次游行,参加的团体各国的军(乐)队占一大半,另外还有许多国家的民间艺术团。游行在爱丁堡的王子大街(是爱丁堡的最主要大街)进行。
  我连续看了两年的游行,去年第一次看,觉得挺过瘾,毕竟老外的游行以前看得不多。不过有些遗憾,就是没有中国的艺术团体或者军人参加。
  因为去年的印象好,所以今年的也不想错过。今天下午去王子大街,恰好路过游行队伍的准备区,忽然发现里面竟然有来自中国的队伍!再仔细看,名字叫做“Chinese state circus”。心里有些纳闷,如果是国家马戏团,翻译做National应该更合适一些吧。
  游行两点开始。我尤其喜欢苏格兰的列队,风笛一吹,有一种说不出的滋味。看的时候我旁边来了两个亚洲面孔的小姑娘,我问她们:“中国人吗?”看她们听不懂,我赶紧用英语说,“Are you Chinese?”。"No, we're Japanese. You ... are Chinese?". “Yes.”
  大约三点多的时候,刚才看到的马戏团终于过来了,本来想给他们喝几声彩,可惜请原谅我思想守旧,我实在有些看不下去。有几个女演员穿的很少不说,还净做一些下蹲的动作,然后两个膝盖使劲往外分,屁股往前送,动作挺慢。或许是我内心不净,不过我看到其他国家的游行队伍也有穿的非常少的,可是他们不管是在跳舞还是行进,都是一种朝气蓬勃、很健康的样子。
  又过了一会儿,隐隐约约听到有中国音乐的声音(歌颂GCD的那种)。心想还有来自中国的,但愿这次好些。等那只队伍转过弯来,俺定睛一看,你道是谁?FLDF!只听歌里面唱到,“法&&轮**大法好,法&&轮**大法好,法&&轮**大法是个宝,xxxx离不了...”。一群老太太,穿着以前在北京街头扭秧歌的衣服,摇扇而过,因为摇的卖力,赢得阵阵掌声。队伍的最后,是很多坐在车上的孩子!打旗的是几个老外,两旁是几个四十几岁模样的女人在散发传单和光盘。其中一个往我这边走,问我前面的两个日本女孩,“Are you Chinese?”。两个女孩赶紧摆手,然后回头指向我。然后那个女人就将传单向我递,我赶紧摇头,可是这么摇头好像不承认自己是中国人似的,便说了句,“I am a Chinese, but I know you are rubbish.”请原谅我说脏话,只是我当时真不知怎么才好,而且感觉自己挺没有脸面,一下午的好心情几乎都没了。

minmin评:
  嘻,你要是到艾菲尔铁塔那儿才叫气炸了呢。
  一下车,远远望去,好家伙,观塔台前横着黄灿灿两大横幅,尽是歌法&&伦之功,颂大**法之德。一黑人小伙激动的拿着宣传册子号召着一群黑人同胞。我们忙不迭的躲开。可居然还有大妈瞅着是中国人就靠过来特义正言辞的说:“你们有权知道真相”。哗!真是吓得我和同学撒腿就跑。她还追着我们说:“你们别怕啊!” 真是搞得我和同学哭笑不得。更有一女孩非常有意思,她很严肃的对朝她宣传大##法的中年男子说:“你真给中国人丢人!”
  唉!在世界奇迹前宣传大法,其景可笑,其人可悲,其事可耻。

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关于“绿豆粉丝挂羊头卖狗肉”

按:龙口粉丝被打假,有感而发。

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关于“绿豆粉丝挂羊头卖狗肉”

于希江

  招远号称“金城天府,银丝之乡”,这是说招远的黄金产量一直是中国第一。招远的另外一绝就是这个“羊头狗肉”的粉丝了,这里说“羊头狗肉”是指粉丝虽然主要在招远生产,却叫做“龙口”粉丝。而招远的粉丝产量,如果我没有记错的话,应当主要集中在张星镇周围。
  我从小到大都很爱吃粉丝,最喜欢的一道菜就是将粉丝煮烂冷却,配约等量的胶东大白菜菜心,白菜要切细,然后加适量的蒜泥、醋和少许盐,混匀,百吃不厌。
  在粉丝当中,以绿豆粉最贵,一是可能原料贵,二是绿豆粉做出的粉丝漂亮,晶莹剔透。依当地人,口感最佳则是地瓜粉,但用地瓜做出的粉丝发乌,貌不赢人。尽管如此,我奇怪为什么新标准中原料只准用绿豆和蚕豆。
  做粉丝的地方称粉坊,我从来没有进去过,但据说其中的劳动强度非常大。
  至于粉丝作假,我自己从来没有听说过,毕竟也很久没有回老家了。印象当中,过去有一段时间经营粉坊很赔钱,原因不外乎粉丝的价格与成本很不成比例。后来也不知道是谁首先从中发现了金矿,情况才有了改观。做粉丝的主要原料是绿豆和蚕豆,而粉丝的主要成分是淀粉,豆类中含有的大量蛋白质在过去几百年中就那么白白地流掉了,而且还污染了环境。
  做粉丝剩下的废物叫做粉浆,粉浆晒干后现在叫做“粉丝蛋白”,蛋白质的含量可以达到70%以上,做猪饲料最佳,其效果甚至优于昂贵的豆粕。我有很多同学做饲料生意,感受颇深。
  自从发现“粉丝蛋白”之后,招远粉坊戏剧性地变成了以“粉丝蛋白”为主、粉丝为辅的模式。
  我知道粉丝蛋白有掺假的,一些无良业主将招远常见的石粉掺进来。但如果“认识人”的话,也可以弄到好的,这实在是一种悲哀。
  因为那篇文章涉及到我的老家,虽然我现在着急赶论文,但还是忍不住写下这么一段。下次和家里打电话的时候,我跟家里人问一下,或许是业主没有给记者份子钱,或许实际情况比记者说得更黑,但愿都不是吧。

(XYS20040504)
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怀念吉姆

  昨天紧赶慢赶,结果还是没有能够去俱乐部打球。公共汽车实在太没有准了。然后就跟Joe和Tom联系,商量今天去Peebles参加Jim葬礼的事情,为此我专门请了假。约好早晨十点半,我在SCOTMID的停车场等Joe。
  一个人西装革履,打着黑领带,老远看挺帅,只可惜老外一看就知道我要去干什么,所以有些不自在。等了好半天,Joe还没有过来,心里没底,以为是在别的地方等,然后就往Peebles的方向走了一会儿,猛抬头,发现刚好十点半,意识到还应该在原来的地方等,赶快往回走,然后就看到了Joe。
  Peebles离Penicuik 13英里,一路风光秀丽,颇有高地景色,只是两边山坡更为舒缓。满眼望去是一片接一片的牧场,泛着些许草黄,毕竟已是深冬。参天古木随处可见,凭我的经验,一棵树能长到这个样子,至少也得有三五百年吧。Peebles也是一个非常古老的小镇,好像也有几百年,Joe记不清了。小镇四周群山环抱,山不太高,有一种说不出的田园味道。我们先路过教堂,然后穿过小镇,到了墓地的停车场,在那里遇到了Clive, James和Tom。然后我们合乘一辆车回到教堂。
  记不清这是我第几次来教堂了,前几次都是打球,而这一次却是来送别和我一起打球的老朋友。下个月Jim 70岁,尽管岁数不算太小,但还是令人感到十分突然,年前我们还在一起打球,而且是这样一个不错的人。
  参加葬礼的大概有将近150人,这已经不寻常了,Tom说这是一种考验,的确如此。
  十一点,仪式开始。尽管我不信宗教,但对宗教也理解了一些,面对死亡,有多少人能够自在从容呢。正如一个僧人所说,和尚做法事,超度的乃是活人,籍此给活着的人一点安慰吧。
  十二点,遗体下葬。然后Joe, James和Phil夫妇回家,我和Ian夫妇,Clive, Tom一起到Peebles高尔夫俱乐部,在那里我遇到了Jim的夫人和儿子。Ian介绍我们是Penicuik乒乓球俱乐部的,先介绍了Tom,然后是Clive。
  “你就是那个在Roslin工作的年轻聪明的中国小伙子吧?”,Jim的夫人转向我,我说是,然后她向我致谢。可惜我一下子忘了如何如何用英文向她表达我的意思。
  喝咖啡的时候,我忽然发现外面山坡上降了半旗,难道是为Jim?一问,果然,而且才知道Jim是这个高尔夫俱乐部会龄最长的会员,有五十六年了。刚才听他生平的时候,隐约听到Jim年轻的时候曾经踢过足球,然后打过高尔夫和乒乓球,只是没有听见他有这么长的会龄。
  下午一点半,我们向Jim的夫人道别。Clive还要去上班,我坐Tom的车回来。
  再见,Peebles,别了Jim。

2002年1月16日星期三

汩泽汤

按:开头写的时候挺带劲,可惜因为有事没有写完,然后就提不起精神来了。姑且先把未完成篇贴在这里,以后有空再补吧。


这是招远话,实际上就是传说中的疙瘩汤。写这个名字俺颇费了一番功夫。一来我们老家的确是这么叫,发音也象;二来疙瘩这两个字不太好写。尤其是疙瘩,听来好似有病,但如果写成圪塔,听着又牙碜。

话说俺是个模范丈夫,负责厨房中90%+的工作量。一来俺的确模范,二来驾轻就熟。俺当年一个人过的时候,不管是结婚还是没有结婚,做饭化的时间一般不超过10分钟。当然,对于学过动物营养的俺来说,俺对食物要求还是很严格的。

一日三餐可以米饭作主食,有闲时可一次炒出3-5日的肉,冷藏保存。炒肉也有讲究,另文再述。尽量买一些可生食的蔬菜,如黄瓜、青椒、芹菜、leek、西红柿、大白菜等。这些菜通常油锅一炝,加肉后几分钟即可出锅。茄子等不易熟的菜也可以,可以先炒后炖,也不用老在厨房候着。我先出国的那段时间,每晚还有 500ml啤酒,真神仙一样的日子。

后来老婆孩子杀到,生活质量便急剧下降,譬如俺们浑家子吃的肉还不如俺当年一个人吃得多,啤酒更被严格管制。再后来岳母、岳父造访,愈发今不如昔。盖众口难调。某日,俺突发奇想,索性来一个汩泽汤吧。模模糊糊还记得爸妈教过我怎么做,就试着做了一回,没想到一击成功,大家吃过都说好。接下来一周每天都有汩泽汤,并陆续开发了两个版本,大家伙儿居然没有吃烦,堪称奇迹。独乐乐不如与众乐,现将做法贡献出来。

汩泽汤体现了俺厨艺的一贯风格,营养全面,做起来方便.

版本一,西红柿鸡蛋汩泽汤。大家不要见笑,固然西红柿炒鸡蛋是厨艺入门菜,甚至有人用此一菜百面挡,