【按】前天（28）晚上招远发生惨剧的地方离我妹妹家只有几步之遥，我每次回招远也经常路过那个地方。实际上，这起凶杀案整个过程只有三分钟，群众也及时报了案，警察三分多钟也赶到了现场，基本上无可指摘。有网友说如果他在现场，会冲上去见义勇为的，而且有的据自己说也勇为过，比如制止小偷。但依我的经验，一个对六个的情况恐怕难的多。
上本科那会儿我不爱学习，每天有几个小时泡在运动场上。那时候最牛的足球教练贝肯鲍尔说只要他一声令下，他的队员们就可以跑到天亮。我想我那时的体质也差不多能跑到天亮。
本科有一年春节，我去姑姑家拜年。正好姑姑村里有那么一家曾经请我爸爸给他们盖房子。活早干完了，可工钱拖了快一年，中间我爸多次催，他们就是不给。我和爸爸商量初二拜姑姑时我顺便去要帐。
中午在姑姑家吃过饭，我带妹妹就去他家敲门，说明来意。哪知道门里忽然呼啦啦出来一大帮人。他家斜眼的婆娘先怒了，说大过年的哪有要帐的？我反问她帐欠了一年难道就对了？但一大帮人围着我情形也不对，我要撤，可是已经来不及了。不过好歹我妹妹先跑了。
其中一个比我矮且瘦的男家伙先向我动手。我一脚揣在他小腿上，他好半天没爬起来。之后他家的男主人上来和我拉拉扯扯。不一会儿，有一个女子，——嗯，是个女的没错，很专业地从我身后趁我不备，右胳膊单手肘夹我脖颈，一下子就把我撂倒在地。
现在我想起来真有些后怕，如果他们当时已经下了死手，我估计早就完蛋了。后来我妹妹带领姑姑他们过来，我姑父一下子把那个女的拉到一边，算是解了围。
我说这个的意思是，无论身体有多强壮，无论有怎样的热血，如果没有专业的训练，一个人很难对付多个人，更何况敢当众出手的人渣往往是那些专业发坏的。思量到自己的水平，能跑和抓紧时间报警才是上策。能洞察自己的处境，趋吉避凶，则为上上。
星期六, 五月 17, 2014
如何定位一个功能基因的变异
【按】每次我写类似的东西，好多看的人都一头雾水，大约我把背后好多东西都当作读者默认已知了。这次俺又不负责任一回:-)。
遗传学家们长久以来都想找出各种功能基因或者功能 DNA 片段。其中那些负责多基因的数量性状的片段，我们一般称之为 QTL，即数量性状座位 （quantitative trait loci)。然而即使是一个单基因的质量性状的功能基因定位，其定位在十几年前还是很困难的。如果通过座位之间，比如能均匀覆盖基因组的标记和 QTL 之间，的交叉互换所产生的配子相不平衡来定位，人们最多能够把基因定位在几个 cM 的区域。对人而言，这相当于几百万碱基的区域。人类基因组的第一张草图花了 30 多亿美元，大约每个碱基一美元，十几年前几百万碱基规模的测序在一般实验室很难完成，更何况为了对比还需要对照很多人的序列，最终测序的总长度远远超过几百万碱基。倘若是 QTL，那么其置信区间通常大到十几到几十 cM，其定位通常更困难了。人们一般把利用连锁图进行的基因定位称作连锁分析。
后来的情况我不说大家也能猜到，那就是标记的密度越来越高，测序的成本越来越低。利用高密度的标记，我们就可以进行所谓的关联分析。由于标记的密度高到 1cM 好几个，这时候去计算连锁和互换几乎没什么意义。高密度标记使得定位的精度大大提高。
即使如此，从定位区域到功能突变仍然有很长的距离。最终找到功能基因还是需要测序。如果测序成本足够低，我们甚至可以之用十几个个体就可以找到功能基因。
从现有结果看，QTL 的突变在非外显子区的居多，而质量性状的基因通常是功能基因的突变，这为定位质量性状基因提供了极大的便利。我们已知人类基因组中外显子的比例只有 1% 左右，这样虽然目标区域从几百万碱基立即缩少为几十万碱基。这样还不够，因为这些序列中还有很多突变，其中有很多可以与质量性状的表达对上号。但我们可以进一步筛选。一个功能突变无外乎非同义突变，拼接变异，插入删除等。这样我们可以把目标范围缩小至1/3。现代生物学研究几乎离不开一些很著名的基础工作，比如 HapMap。参考 HapMap，我们可以发现我们研究的样本中罕见的变异，或者说一般人没有或者不常有的变异。这样目标的变异范围又可以去除 98%。最后，我们再参考自己的数据库，比较多个病人共享的纯合子。至此单基因的功能突变基本就可以确定了。
遗传学家们长久以来都想找出各种功能基因或者功能 DNA 片段。其中那些负责多基因的数量性状的片段，我们一般称之为 QTL，即数量性状座位 （quantitative trait loci)。然而即使是一个单基因的质量性状的功能基因定位，其定位在十几年前还是很困难的。如果通过座位之间，比如能均匀覆盖基因组的标记和 QTL 之间，的交叉互换所产生的配子相不平衡来定位，人们最多能够把基因定位在几个 cM 的区域。对人而言，这相当于几百万碱基的区域。人类基因组的第一张草图花了 30 多亿美元，大约每个碱基一美元，十几年前几百万碱基规模的测序在一般实验室很难完成，更何况为了对比还需要对照很多人的序列，最终测序的总长度远远超过几百万碱基。倘若是 QTL，那么其置信区间通常大到十几到几十 cM，其定位通常更困难了。人们一般把利用连锁图进行的基因定位称作连锁分析。
后来的情况我不说大家也能猜到，那就是标记的密度越来越高，测序的成本越来越低。利用高密度的标记，我们就可以进行所谓的关联分析。由于标记的密度高到 1cM 好几个，这时候去计算连锁和互换几乎没什么意义。高密度标记使得定位的精度大大提高。
即使如此，从定位区域到功能突变仍然有很长的距离。最终找到功能基因还是需要测序。如果测序成本足够低，我们甚至可以之用十几个个体就可以找到功能基因。
从现有结果看，QTL 的突变在非外显子区的居多，而质量性状的基因通常是功能基因的突变，这为定位质量性状基因提供了极大的便利。我们已知人类基因组中外显子的比例只有 1% 左右，这样虽然目标区域从几百万碱基立即缩少为几十万碱基。这样还不够，因为这些序列中还有很多突变，其中有很多可以与质量性状的表达对上号。但我们可以进一步筛选。一个功能突变无外乎非同义突变，拼接变异，插入删除等。这样我们可以把目标范围缩小至1/3。现代生物学研究几乎离不开一些很著名的基础工作，比如 HapMap。参考 HapMap，我们可以发现我们研究的样本中罕见的变异，或者说一般人没有或者不常有的变异。这样目标的变异范围又可以去除 98%。最后，我们再参考自己的数据库，比较多个病人共享的纯合子。至此单基因的功能突变基本就可以确定了。
星期三, 五月 14, 2014
星期二, 五月 13, 2014
反《西游记》
【按：据说是火星贴，出处未考】
如果把西游记倒过来看，其实更精彩。 如来派师徒四人带上八部天书和小白龙去东土大唐传教,在一路上遇到了各种妖怪,打来打去发现他们都是有后台的,无论怎么作恶都不受惩罚，八戒和沙僧觉得太黑暗了,无奈一个躲进了高老庄,一个钻进了流沙河,只有悟空坚持正义一路斩妖除魔护送师傅东去传教。 结果天庭对悟空实在忍无可忍就和如来达成协议——我们可以保证唐三藏平安到长安,不过你得把孙悟空这个刺儿头给办了,如来同意了，在一翻阴谋之下，白龙重伤坠入山涧，悟空败了，被压在了五指山下,而唐三藏却抛弃了孙悟空，孤身来到长安，在长安传完教，被封为御弟，享受完荣华富贵，寿终正寝。 就这样过了五百年,悟空终于从五指山下逃了出来,一声不吭,把天庭搅了个天翻地覆,天庭被逼无奈许诺让猪八戒化为人身，封为天蓬元帅 ，沙和尚封为卷帘大将，只要他们能够杀掉孙悟空。 最后的最后，因为兄弟相残而心灰意冷的悟空去寻找菩提祖师解惑，然后他封印了修为，如意金箍棒扔进了东海化作定海神针，回到花果山，陪着猴子猴孙过完了平凡的一生，最终在花果山的山顶化作了一块石头……
如果把西游记倒过来看，其实更精彩。 如来派师徒四人带上八部天书和小白龙去东土大唐传教,在一路上遇到了各种妖怪,打来打去发现他们都是有后台的,无论怎么作恶都不受惩罚，八戒和沙僧觉得太黑暗了,无奈一个躲进了高老庄,一个钻进了流沙河,只有悟空坚持正义一路斩妖除魔护送师傅东去传教。 结果天庭对悟空实在忍无可忍就和如来达成协议——我们可以保证唐三藏平安到长安,不过你得把孙悟空这个刺儿头给办了,如来同意了，在一翻阴谋之下，白龙重伤坠入山涧，悟空败了，被压在了五指山下,而唐三藏却抛弃了孙悟空，孤身来到长安，在长安传完教，被封为御弟，享受完荣华富贵，寿终正寝。 就这样过了五百年,悟空终于从五指山下逃了出来,一声不吭,把天庭搅了个天翻地覆,天庭被逼无奈许诺让猪八戒化为人身，封为天蓬元帅 ，沙和尚封为卷帘大将，只要他们能够杀掉孙悟空。 最后的最后，因为兄弟相残而心灰意冷的悟空去寻找菩提祖师解惑，然后他封印了修为，如意金箍棒扔进了东海化作定海神针，回到花果山，陪着猴子猴孙过完了平凡的一生，最终在花果山的山顶化作了一块石头……
星期五, 五月 09, 2014
星期四, 五月 08, 2014
卧虎藏龙
今天到本地的围棋俱乐部看了一眼。开门迎接的似乎是主席，自报 1k，我 IGS 2k，自然他要让先了。他问我要不要钟，我说不用那么严肃吧。于是没用钟，我中盘战胜了他。晚上我还有羽毛球训练，要早走，这样又和另外一位 2k 下了一盘快棋，俺速胜。这一盘至少有两个第一次，第一次用比赛钟，第一次成功复盘。俺两盘棋下过，算是交了投名状。临走之时，几个人嘱咐让俺多来。
期间还听说一些逸事。但凡地方一大，什么人都有可能有，俗气地说藏龙卧虎根本不为过。今晚的现场就有一位 4D 的，不过他谦虚地称自己 3D。但总体看参加全国联赛棋手的段位，觉得我 2k 甚至可以排到全国前 20。哪知道附近的中餐馆有来自上海的李姓全同胞 3 人，都是职业三段以上。其中有一位曾经还是芮乃伟的队友。说有一次她们二人见面，芮九段立即认出了我们这位李女士，我们这位居然没有认出芮九段！另外这几位全同胞大约整天忙工作了，土著语不怎么会说，英语也不怎么会说。猜想他们大约只会说普通话和上海话。可惜今天没有见到他们的尊驾。
期间还听说一些逸事。但凡地方一大，什么人都有可能有，俗气地说藏龙卧虎根本不为过。今晚的现场就有一位 4D 的，不过他谦虚地称自己 3D。但总体看参加全国联赛棋手的段位，觉得我 2k 甚至可以排到全国前 20。哪知道附近的中餐馆有来自上海的李姓全同胞 3 人，都是职业三段以上。其中有一位曾经还是芮乃伟的队友。说有一次她们二人见面，芮九段立即认出了我们这位李女士，我们这位居然没有认出芮九段！另外这几位全同胞大约整天忙工作了，土著语不怎么会说，英语也不怎么会说。猜想他们大约只会说普通话和上海话。可惜今天没有见到他们的尊驾。
星期五, 五月 02, 2014
再说围棋
Linux 上的网络围棋软件 qgo 早已经停止更新，为此 Fedora 已经把它移出了标准库。刚刚移出那一会儿，编译一下还可以安装，到后来随着其它软件的更新，qgo 编译老出错。两年前我把 qgo 源代码中的明显错误改了一下（http://xijiang.blogspot.no/2012/10/install-qgo-on-fedora.html），于是又能用了。虽然还要安装若干组件，但有总比没有好。
不过最近我发现 IGS 的应用软件其实已经有好多了，比如各种 pad 上的 PandaTetsuki (写此文之后即改名为 Pandanet）。PC 上的 GoPanda2 也有 Linux 版本，它的界面比 qgo 更好，稳定性也更好些。而且还不用超级用户权限安装。当然问题也有，我现在发现的一个小问题就是运行的时候它找不到 libudev.so.0 库，在 Fedora 中：
前面说过，从去年进城打羽毛球以来，我发现羽毛球的进退章法与围棋颇有相同之处。最近我明显感觉棋力见长，现在已经比较稳定在 IGS 的 2k。当然，也有可能打球之后体力好的缘故，毕竟仔细下一盘棋还是挺累的。前几天我和我那位奕城 5k 的朋友又切磋了一盘，这次我让他三子，最后虽然我赢了，但感觉比一场羽毛球比赛还要辛苦。好在那一天下午阳光明媚，朋友的妻子在一旁端茶，还有小吃，倒也惬意。不过因为下棋的时候太专心，我右手摸棋子却没注意伸到了茶杯里面，都快够着底了。还好茶水不是那么热。
上周我又偶然发现，原来奥斯陆居然还有一家围棋俱乐部，水平最高的有 4d，还有一位 2d 和两位 1d ，剩下就是 k 级别的。不过在我们这地儿，能见到 D 级人物也相当不易。可惜的是这个围棋俱乐部的活动时间和我羽毛球的活动时间部分抵触。围棋是下午五点到九点，羽毛球俱乐部则是八点半之后，当然两地之间还需要时间赶场。不过情形还不算太坏，下周三就去拜访一下。
每年的十月，挪威还有一个冠军联赛，不分国籍，只要在挪威就有机会参加。冠军有机会得到日本方面的资助到日本参加世界业余围棋选手大赛。这听起来很令人向往，不过依我现在的水平，能在挪威打一个前二十名就不错了。到日本参赛只能是个奢望。
每个人或多或少都有一些爱好，恐怕也不止一个人现在或曾经与我有相似的想法，那就是退休之后专心下围棋，或者玩自己的业余爱好。现在看来，这是不现实的。换句话说可能更好理解一些，如果有人想在退休之后专练马拉松或者 110 米栏，我们更容易看出笑点在哪里。所以珍惜眼前吧，工作的时候拼命工作，玩的时候就认认真真地玩，而且和一帮朋友一起工作，和另外一帮朋友一起玩，生命才能不虚度。这样在退休或者临死之时也就安然了。
不过最近我发现 IGS 的应用软件其实已经有好多了，比如各种 pad 上的 PandaTetsuki (写此文之后即改名为 Pandanet）。PC 上的 GoPanda2 也有 Linux 版本，它的界面比 qgo 更好，稳定性也更好些。而且还不用超级用户权限安装。当然问题也有，我现在发现的一个小问题就是运行的时候它找不到 libudev.so.0 库，在 Fedora 中：
cd /usr/lib64即可解决问题。
sudo ln -s libudev.so.1 libudev.so.0
前面说过，从去年进城打羽毛球以来，我发现羽毛球的进退章法与围棋颇有相同之处。最近我明显感觉棋力见长，现在已经比较稳定在 IGS 的 2k。当然，也有可能打球之后体力好的缘故，毕竟仔细下一盘棋还是挺累的。前几天我和我那位奕城 5k 的朋友又切磋了一盘，这次我让他三子，最后虽然我赢了，但感觉比一场羽毛球比赛还要辛苦。好在那一天下午阳光明媚，朋友的妻子在一旁端茶，还有小吃，倒也惬意。不过因为下棋的时候太专心，我右手摸棋子却没注意伸到了茶杯里面，都快够着底了。还好茶水不是那么热。
上周我又偶然发现，原来奥斯陆居然还有一家围棋俱乐部，水平最高的有 4d，还有一位 2d 和两位 1d ，剩下就是 k 级别的。不过在我们这地儿，能见到 D 级人物也相当不易。可惜的是这个围棋俱乐部的活动时间和我羽毛球的活动时间部分抵触。围棋是下午五点到九点，羽毛球俱乐部则是八点半之后，当然两地之间还需要时间赶场。不过情形还不算太坏，下周三就去拜访一下。
每年的十月，挪威还有一个冠军联赛，不分国籍，只要在挪威就有机会参加。冠军有机会得到日本方面的资助到日本参加世界业余围棋选手大赛。这听起来很令人向往，不过依我现在的水平，能在挪威打一个前二十名就不错了。到日本参赛只能是个奢望。
每个人或多或少都有一些爱好，恐怕也不止一个人现在或曾经与我有相似的想法，那就是退休之后专心下围棋，或者玩自己的业余爱好。现在看来，这是不现实的。换句话说可能更好理解一些，如果有人想在退休之后专练马拉松或者 110 米栏，我们更容易看出笑点在哪里。所以珍惜眼前吧，工作的时候拼命工作，玩的时候就认认真真地玩，而且和一帮朋友一起工作，和另外一帮朋友一起玩，生命才能不虚度。这样在退休或者临死之时也就安然了。
订阅：
博文 (Atom)