和影响因子说再见

去年12月，在美国细胞生物学学会（ASCB）的年会上，与会科学家对JIF（杂志影响因子）提出了质疑，认为JIF已经成为正常科学研究的障碍，它扭曲了科研方向和基金的投向。经过几个月的讨论，若干杂志编辑、出版商和ASCB的科学家起草了旧金山宣言（DORA），要求在科学家废除JIF（参看ASCB的报道）。ASCB专门有一个DORA网页（http://am.ascb.org/dora/）。我随便翻了翻，已经有许多重量级的个人和组织签名支持。

当然，虽然影响因子不应该那么重要，这并不是说有的杂志可以摆脱其滥杂志的身份。比如有的韩国的所谓SCI杂志，给个几十刀就可以发表。一个科学家的名字如果出现在那上面，他的名头几乎就坏掉了。

怎么吃——八个被颠覆的营养常识

这篇文章是我顺着google current的链接看到的，看了一下参考文献还算对路，就粗略地做了翻译。原文的链接是http://www.popsci.com/node/74033/edit。译文如下：

1. 卡路里与卡路里不同

这项大约是针对商店里的食品通常标注热量。但热量等价并不见得效果等价，比如果糖比葡萄糖更容易让人感觉到饿，因而更能导致大肚子。

底线是：不同食物以不同方式影响身体、饥饿和荷尔蒙。

2. 多吃蛋白质并不见得坏

以前说可能增加肾脏负担和骨质疏松。新研究结果显示并不是这么一回事，多吃蛋白质不仅与肾脏疾病无关，而且长期看加强骨质。

底线：多吃蛋白减少骨折，降低两个重要的肾病因子。

3. 低脂肪餐不见得好。

底线：低脂肪餐不见得有好结果。最大的随机化对照研究表明低脂肪餐根本无效。

4. 不是每个人都要减少钠的摄取

长久以来，人们认为钠会升高血压，从而升高得病机会。新研究发现短期内是这样的。但，研究减少钠摄取并不降低心脏病的危险。随机对照试验反而显示限制钠摄取反而会升高脂肪和胆固醇水平。

底线：钠摄取量做了深入的研究。没有一项此类研究表明限食钠有更好结果。

5. 饱和脂肪酸未必升高坏胆固醇并导致心脏疾病

这个结果仍然不明确。

底线：反脂肪宣传有几十年了，饱和脂肪酸从来没有被证明导致心脏疾病。新研究证明两者之间没有关联。

6. 咖啡未必对身体坏

过去咖啡的名声不好。其中的有效成分咖啡因可以在短期内略微升高血压。长期的观察结果则显示咖啡能将地许多疾病的风险。如改善脑功能，燃烧更多脂肪等等。

底线：尽管咖啡能轻度升高血压，但它可以降低许多疾病风险，包括老年痴呆和II型糖尿病。

7. 鸡蛋与心脏病无关

鸡蛋因含大量的胆固醇在过去被不公正地对待过。但食物中的胆固醇未必会升高血液中的胆固醇。鸡蛋从未被证明可能导致血液中胆固醇升高。

底线：鸡蛋是最健康和最有营养的食品之一，大家可以放心吃。吃鸡蛋和心血管疾病风险之间无关联。

8. 有关低碳餐

低碳餐（按：如Atkin餐）由于含大量的饱和脂肪酸，因此被认为吃起来有风险。2002年以来有很多随机对照实验，低碳餐相对低脂肪餐使人可以减重更快；食物中显著的脂肪降低增加心脏病风险；低碳餐提高HDL（好的）胆固醇等等。

无题

昨天晚上我趁领导不在家奋力码了不少字，有朋友和我说他们是非生物专业看不懂。我仔细想了想，主要原因还是题目太大。其中我想说的太多，结果说清楚的反而不多，很多关键的内容还没有说到。且等我下次有空的时候再扩充一下。

从认识我家领导开始，我就愿意有空的时候码几个字。写字整理思路就像琢磨围棋定式一样，写得多说话也利索。我写日记，有个日本朋友给了我很大启发（http://xijiang.blogspot.no/2011/12/blog-post.html）。可惜我以前码的好多字已经寻不到了。多亏现在有比较稳定的博客网，我的很多东西现在能够留下来。虽然有些文字现在看去挺幼稚，但至少我自己回头再看，大多还是挺有意思的。

遗传连锁分析简介

最近，著名性感演员 Angelina Jolie 因携带 BRCA1 基因而切除了乳房，这在全世界掀起了一个不大不小的新闻风暴。这个事情也让我对连锁分析有了新的认识。

癌症基因往往有好多，但像 BRCA1 这样效应特别大的基因则不那么多见。类似癌症，许多种严重威胁人类的疾病，比如心血管疾病，糖尿病，老年痴呆，精神病等的遗传基础都是多基因的。这些基因数目众多，每个基因的效应很小。它们就像许多藏在大草垛里面的针，发现起来着实困难。

上个世纪八十年代，分子遗传学研究发现了 DNA 分子标记和方便的检测手段，检测和定位小效应基因因而变得可行。这个发现也复活了遗传学另外一个分支，数量遗传学。早期的数量遗传学研究主要集中在动植物的育种上面，成就斐然。

分子标记实际上就是 DNA 序列本身的多态。较早的标记有 RFLP，后来更多的用到小片段重复数的多态，比如同源染色体上 CA 重复数的不同。现在最广泛使用的则是单个核苷酸的突变。这些 DNA 序列变异广泛分布在基因组中。虽然他们本身往往没有什么功能，但是它们可以示踪附近有效应的基因。这样如果标记附近有功能基因，并且样本足够大，携带不同标记等位基因的个体的表现就会显著不同。由此我们就可以断定这个标记附近有功能基因。这种利用标记相对位置，以及标记与个体表现的关联来检测和确定功能基因位置的方法就是连锁分析。它要用到很多数量遗传学的方法。

连锁分析最开始大多集中在动植物和模式生物上，在人类遗传学中的结果很少。这个原因还是因为大多功能基因的效应太小，在人类遗传学研究中很难找到足够的样本来定位基因，标记的密度不够是另外一个原因。在动植物和模式生物中，人们则可以设计群体的不同交配组合来弥补这些缺陷。高通量、自动化标记定型设备的出现使得这一状况大有改观。有意思的是，人类的数据现在反而比其它动植物和模式生物的更有优势，其中原因我以后有时间再说。

过去几年，我在国内很多地方讲过连锁分析的课程。如果让我评价连锁分析在过去三十多年中所取得的成就，我只能说，在动植物育种上，虽然人们当初的愿望很美好，投入也不少，但结果比较失败。这个原因主要是连锁分析所能检测出来的只是功能基因在染色体上的大体范围。沿用上面的比喻，我们寻针的范围从大草垛缩小到小草垛。不幸的是这个小草垛还很有可能错过了针。而从小草垛中把针找到的花费远远超过前期工作。这样花大钱找出来的基因在育种上根本不划算。

早至在爱丁堡做博士后期间，我就隐隐觉得费这样大力气去找小基因意义不大，当时我把这个想法和当时的合作老板 Peter 说时，他回答我花多少钱他并不关心，他只关心能否把基因找出来。

遗传连锁分析有两个值得夸耀的结果，一个是猪的氟烷敏感基因，另外一个是奶牛的 DGAT1。但除此之外，这么多年来在动物育种中连锁分析的成就乏善可陈。这两个基因实际上与过去五六十年中高强度的选育工作有密切关系。

直到上世纪的六七十年代，人们还多喜欢吃肥肉，那时候猪的育种目标就是让他们多长肥肉。后来人们发现肥肉并不健康，于是让猪少长肥肉则成了育种的主要目标。传统育种技术的力量是如此强大，没过多少年，猪的背膘就从一掌厚变成了不到一指厚。养殖者们也喜欢，因为瘦肉的能量密度低，因此养这样的猪不仅吃更少的料，而且可以卖更高的价钱。

又过了一段时间，问题出现了。人们发现有的猪在打架或驱赶时容易发生恶性的高温综合症。这种症状一旦发生，猪很快就死掉了。不仅如此，这样的死猪肉往往颜色灰白，摸上去囊软，置在案板之上还会嘀嘀嗒嗒渗水，因而也不值钱。当时这种疾病的重灾区是原产比利时的皮特兰猪。很多时候，昂贵的种猪在配种时一激动就会像上面所描述的那样死去。

后来有人用麻醉剂氟烷来检测有遗传缺陷的个体。敏感的个体会出现四肢僵直的现象。现在我们知道这种遗传缺陷是由一个基因决定的，隐性基因纯合的猪容易发生猪的应激综合征。携带这个隐性基因的猪往往肥肉长得特别少，这正是它一度在猪群中流行的原因。但用氟烷检测的结果并不可靠，一是它不能检测出杂合子，二是即便隐性基因纯合，它的检出率也不超过90%。

又过了几年，这个基因仍然在猪群中存在，每年给养猪业造成很大的损失。然后这个基因就被定了位并且确定了序列。根据这个基因的序列，人们发明了很多种检测方法。在 DNA 水平上，这个基因是共显性的，因此人们只需要一代就可以把致病基因从群体中淘汰出去。

DGAT1 基因的历史与此有些类似。早期人们对奶牛的选择往往偏重于总的产奶量，后来人们意识到其中的干物质多少才是王道。携带 DGAT1 基因的奶牛，它们的乳脂率和乳蛋白率显著高于不携带这个基因的个体。这个基因也是在十几年前就定位了。

话说回来，不管这些基因曾经在动物界曾经引起多么大的波澜，对动物育种者来说只需让携带不利基因的个体淘汰，让携带有利基因的个体留下后代之后便会风平浪静。但人与其它生物不同，一个不治之症案例后面往往是不尽的辛酸。人的生命不同于其它商品，如果它受到威胁，只要能付得起价钱，不管它有多昂贵，人们大都愿意把它买回来。而今又有这样的明星示范效应，相信以后像 Julie 这样有勇气的人会越来越多。

附带说一下我在爱丁堡的两个合作老板，他们俩现在都转到人类遗传学领域去了。